とおりすがりさんのコメントへの私見

宗教的な行為がもたらす影響の大小を総合的に見て違憲判断をするべき、と読めます。

僕もそう読めます。

違憲判断について争えるか、争えないか、という事については、政教分離の
制度的保障に鑑みれば、「信教の自由の保証を侵害しているとき、裁判で争える」
という内容でありましょう。

その通りですね。
信教の自由の保障を侵害してる時にしか、
日本国憲法においては政教分離は問題となりません。

国家の行為それ自体の違憲判断と、人権侵害を争えるか否かの判断とは
区別して考えるべきではないでしょうか。

2人の主張が食い違う部分はここだと思うのです。
国家の行為20条に対する違憲行為であると認定されるには、信教の自由に対する
侵害があった時にしか制度保障説の立場に立つと、政教分離は出てくる機会が無く、
侵害が無い＝政教分離違反では無いので政教分離規定については違憲ではない
侵害が無いということは思想信条の自由に対する侵害が無いということで
合憲であるということだと思うのですけど。

つまり行為自体は違憲又は合憲であるけれども、

行為が違憲であるなら信教の自由が侵害されたということで争えるし
行為が合憲なら争うことはできないというのが僕の認識です。

その内容について争うことができるのは、個人が公権力に強制された場合、
住民訴訟の場合になる。

個人が公権力に強制された住民訴訟に限らず、広い意味で国家の行為が
宗教的な行為で個人の信教の自由への侵害を与えた時に20条に対する
違憲行為になり、訴訟になりうると書いてあるんじゃないでしょうか
そもそも通説・判例の定義する宗教行為の要件に信教の自由への侵害が
必須として述べられているのは引用していただいた判例の

「宗教とのかかわり合いをもたらす行為の目的及び効果にかんがみ，
そのかかわり合いが，我が国の社会的，文化的諸条件に照らし，
信教の自由の保障の確保という制度の根本目的との関係で相当とされる
限度を超えるものと認められる場合」。

の部分を読むことで解釈できると思います。

もし侵害の程度や定義に関する議論でしたらまた別途に書きます。
それでは返答を期待して待ってます！